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O Programa de Pós Graduação em Pediatria da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo tem como objetivo formar professores e pesquisadores na área da saúde da criança, com enfoque nas relações da saúde, desde o período fetal até a adolescência, com o ambiente sócio-econômico, cultural e seus agravos biológicos. Para isso conta com infra-estrutura para estudos de base populacional, clínico-laboratoriais e experimentais com atualizado parque tecnológico. O programa de pós-graduação tem também como meta a produção de conhecimento na área da saúde da criança e do adolescente, a ser disseminado por meio de publicações em periódicos de impacto, caracterizando o Departamento de Pediatria da FMUSP como fonte geradora de conhecimento científico de reconhecido nível de excelência.
Desde sua criação na década de 70, o programa tem sido bem avaliado, tendo recebido nota 5 pela CAPES no triênio 2004 a 2006. A partir de então, o programa apresentou grande desenvolvimento, incluindo um forte esforço para internacionalização, com a procura de estabelecimento de convênios com escolas de outros países, participação de professores de universidades estrangeiras nos cursos ministrados pelo programa, estabelecimento de projetos de pesquisa interinstitucionais e constante estímulo e apoio ao corpo docente e discente para visitas e estágios em centros de excelência no exterior.
No âmbito nacional, desenvolveu projeto interinstitucional para doutorado (DINTER) com a Universidade Federal do Mato Grosso com o intuito da colaboração para a promoção da capacitação de outras instituições para a titulação e formação de professores e pesquisadores para o desenvolvimento de programas de pós- graduação em suas universidades.
Atualmente o programa conta com 13 linhas de pesquisa, sendo a última recentemente criada, Educação em Saúde, cuja finalidade é contemplar projetos educacionais na saúde da criança e sobre ensino em Pediatria. São elas: